无需编程 | 联用「chatGPT」和「TBtools」实现你的 idea，开发你梦寐以求的工具

sockstack / 35 / 2023-11-14 11:47:47

<p><span style="color: red; font-size: 18px">ChatGPT 可用网址，仅供交流学习使用，如对您有所帮助，请收藏并推荐给需要的朋友。</span><br><a href="https://ckai.xyz/?sockstack&section=detail" target="__blank">https://ckai.xyz</a><br><br></p> <article class="_2rhmJa"><h3>写在前面</h3>
<p>万万没想到 chatGPT，我玩了整整一个周末。当然，我不是在玩 chatGPT。而是在想，这样一个工具，我们如何更好的使用他，从而解决日常生信数据分析中的简单问题。要知道，绝大多数湿实验科研朋友的数据分析需求，其实是简单的文本处理。TBtools 当然，可以满足不少需求，但总有一些，并不如此。于是，大伙还是要去求助某某。<br>
chatGPT 可以相对较好的理解我们想说的话。我测试了下，对于简单的文本处理工作，他完全可以直接生成可用代码。<br>
为此，我决定直接对 TBtools 和 CLI Program Wrapper Creator 进行改造，让他们支持直接脚本编写执行（当然，同时也支持了其他各类语言的脚本，只是需要插件开发者打包一个解释器，如python或perl等）。如此，我们就完全可以让「chatGPT」和「TBtools」联动，实现我们的「春秋大梦」。</p>
<h3>示例 2：Fasta序列批量提取</h3>
<p>跟 chatGPT 说</p>
<div class="_2Uzcx_">
<button class="VJbwyy" type="button" aria-label="复制代码"><i aria-label="icon: copy" class="anticon anticon-copy"><svg viewbox="64 64 896 896" focusable="false" class="" data-icon="copy" width="1em" height="1em" fill="currentColor" aria-hidden="true"><path d="M832 64H296c-4.4 0-8 3.6-8 8v56c0 4.4 3.6 8 8 8h496v688c0 4.4 3.6 8 8 8h56c4.4 0 8-3.6 8-8V96c0-17.7-14.3-32-32-32zM704 192H192c-17.7 0-32 14.3-32 32v530.7c0 8.5 3.4 16.6 9.4 22.6l173.3 173.3c2.2 2.2 4.7 4 7.4 5.5v1.9h4.2c3.5 1.3 7.2 2 11 2H704c17.7 0 32-14.3 32-32V224c0-17.7-14.3-32-32-32zM350 856.2L263.9 770H350v86.2zM664 888H414V746c0-22.1-17.9-40-40-40H232V264h432v624z"></path></svg></i></button><pre class="line-numbers  language-undefined"><code class="  language-undefined">用 java 代码实现一个命令行脚本，接受三个参数，第一个是一个ID列表文件，每行一个 ID，第二个是一个 Fasta 序列文件，第三个是输出文件。需要提取 Fasta 序列文件中 ID 在列表文件中存在的序列，输出到输出文件
<span aria-hidden="true" class="line-numbers-rows"><span></span></span></code></pre>
</div>
<p>结果如下</p>
<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 1668px; background-color: transparent;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 238.28%;"></div>
<div class="image-view" data-width="2111" data-height="5030"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-4c6941e3794cf143.png" data-original-width="2111" data-original-height="5030" data-original-format="image/png" data-original-filesize="707550" data-image-index="0" style="cursor: zoom-in;" class="" src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-4c6941e3794cf143.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1200/format/webp"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
<p>代码直接复制到 TBtools 中，简单填充界面</p>
<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 338px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 48.26%;"></div>
<div class="image-view" data-width="2982" data-height="1439"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-f51c4ad5a3c90e27.png" data-original-width="2982" data-original-height="1439" data-original-format="image/png" data-original-filesize="218190" data-image-index="1" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
完成插件开发，惊呆了！
<h3>示例 1：表格行批量提取软件</h3>
<p>我们有一个基因表达量矩阵，可能有100Mb，我们需要从里面提取是100个基因的表达量。我用一句话描述了任务需求，发给「chatGPT」</p>
<div class="_2Uzcx_">
<button class="VJbwyy" type="button" aria-label="复制代码"><i aria-label="icon: copy" class="anticon anticon-copy"><svg viewbox="64 64 896 896" focusable="false" class="" data-icon="copy" width="1em" height="1em" fill="currentColor" aria-hidden="true"><path d="M832 64H296c-4.4 0-8 3.6-8 8v56c0 4.4 3.6 8 8 8h496v688c0 4.4 3.6 8 8 8h56c4.4 0 8-3.6 8-8V96c0-17.7-14.3-32-32-32zM704 192H192c-17.7 0-32 14.3-32 32v530.7c0 8.5 3.4 16.6 9.4 22.6l173.3 173.3c2.2 2.2 4.7 4 7.4 5.5v1.9h4.2c3.5 1.3 7.2 2 11 2H704c17.7 0 32-14.3 32-32V224c0-17.7-14.3-32-32-32zM350 856.2L263.9 770H350v86.2zM664 888H414V746c0-22.1-17.9-40-40-40H232V264h432v624z"></path></svg></i></button><pre class="line-numbers  language-csharp"><code class="  language-csharp"><span class="token preprocessor property"># chatGPT 镜像链接，无需登录，直接使用</span>
https<span class="token punctuation">:</span><span class="token operator">/</span><span class="token operator">/</span>gpt<span class="token punctuation">.</span>chatapi<span class="token punctuation">.</span>art<span class="token operator">/</span>
<span aria-hidden="true" class="line-numbers-rows"><span></span><span></span></span></code></pre>
</div>
<p>具体描述如下</p>
<div class="_2Uzcx_">
<button class="VJbwyy" type="button" aria-label="复制代码"><i aria-label="icon: copy" class="anticon anticon-copy"><svg viewbox="64 64 896 896" focusable="false" class="" data-icon="copy" width="1em" height="1em" fill="currentColor" aria-hidden="true"><path d="M832 64H296c-4.4 0-8 3.6-8 8v56c0 4.4 3.6 8 8 8h496v688c0 4.4 3.6 8 8 8h56c4.4 0 8-3.6 8-8V96c0-17.7-14.3-32-32-32zM704 192H192c-17.7 0-32 14.3-32 32v530.7c0 8.5 3.4 16.6 9.4 22.6l173.3 173.3c2.2 2.2 4.7 4 7.4 5.5v1.9h4.2c3.5 1.3 7.2 2 11 2H704c17.7 0 32-14.3 32-32V224c0-17.7-14.3-32-32-32zM350 856.2L263.9 770H350v86.2zM664 888H414V746c0-22.1-17.9-40-40-40H232V264h432v624z"></path></svg></i></button><pre class="line-numbers  language-undefined"><code class="  language-undefined">使用java代码实现，接受三个命令行参数，第一个参数是接受一个表格文件，表格文件中有行名，有列名，第二个参数是一个ID列表文件，每一行是一个ID，第三个参数是输出文件。这个代码主要功能是，按照ID列表文件中的ID提取表格文件中第一列匹配到ID的所有行，匹配内容输出到输出文件。注意，最终文件同样需要有行名和列名。
<span aria-hidden="true" class="line-numbers-rows"><span></span></span></code></pre>
</div>
<p>得到结果如下</p>
<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 1198px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 171.09%;"></div>
<div class="image-view" data-width="2148" data-height="3675"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-d5a096ad251262fb.png" data-original-width="2148" data-original-height="3675" data-original-format="image/png" data-original-filesize="633423" data-image-index="2" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
<p>打开 TBtools（注意，你需要升级到1.106或者更高版本，使用安装器），转到 「CLI Program Wrapper Creator」功能（注意，插件也需要更新一下），点击「Click X for Script Input」</p>
<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 332px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 47.33%;"></div>
<div class="image-view" data-width="2474" data-height="1171"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-4b078ef90dd76784.png" data-original-width="2474" data-original-height="1171" data-original-format="image/png" data-original-filesize="99555" data-image-index="3" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
设置一下文件名，黏贴从 chatGPT 复制过来的代码<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 332px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 47.33%;"></div>
<div class="image-view" data-width="2474" data-height="1171"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-a9c83dd89d89c20a.png" data-original-width="2474" data-original-height="1171" data-original-format="image/png" data-original-filesize="183008" data-image-index="4" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
<p>按照我们描述的需求和chatGPT给出的使用方法（其实也就是我们的需求）</p>
<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 486px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 41.61%;"></div>
<div class="image-view" data-width="1168" data-height="486"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-204eb9325faaf6ed.png" data-original-width="1168" data-original-height="486" data-original-format="image/png" data-original-filesize="69157" data-image-index="5" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
配置界面如下<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 267px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 38.14%;"></div>
<div class="image-view" data-width="2926" data-height="1116"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-d357308fc65e01f5.png" data-original-width="2926" data-original-height="1116" data-original-format="image/png" data-original-filesize="184566" data-image-index="6" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
大功告成，我们测试一下<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 267px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 38.14%;"></div>
<div class="image-view" data-width="2926" data-height="1116"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-1caca999a6534c47.png" data-original-width="2926" data-original-height="1116" data-original-format="image/png" data-original-filesize="274106" data-image-index="7" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
直接复制这些报错，丢给「chatGPT」<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 1492px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 213.07%;"></div>
<div class="image-view" data-width="1615" data-height="3441"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-015e61133d282e32.png" data-original-width="1615" data-original-height="3441" data-original-format="image/png" data-original-filesize="614791" data-image-index="8" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
运行了下，发现没有正确提取<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 267px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 38.14%;"></div>
<div class="image-view" data-width="2926" data-height="1116"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-462d8abf97c0e848.png" data-original-width="2926" data-original-height="1116" data-original-format="image/png" data-original-filesize="168349" data-image-index="9" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
<p>让他重新写一个。结果网页链接断开了，镜像不稳定。没事，重新来</p>
<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 725px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 103.53000000000002%;"></div>
<div class="image-view" data-width="2123" data-height="2198"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-83a8f8c20f484fd7.png" data-original-width="2123" data-original-height="2198" data-original-format="image/png" data-original-filesize="492402" data-image-index="10" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
更新代码，再次尝试<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 267px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 38.14%;"></div>
<div class="image-view" data-width="2926" data-height="1116"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-3dc3ef1483a03d5c.png" data-original-width="2926" data-original-height="1116" data-original-format="image/png" data-original-filesize="232722" data-image-index="11" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
又报错了，让他改，反正 chatGPT 真的是一个机器......「无情的我.....」<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 953px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 136.03%;"></div>
<div class="image-view" data-width="1596" data-height="2171"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-f4b14ae2491992e7.png" data-original-width="1596" data-original-height="2171" data-original-format="image/png" data-original-filesize="347205" data-image-index="12" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
完成.....<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 267px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 38.14%;"></div>
<div class="image-view" data-width="2926" data-height="1116"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-b99aa9c7fa2aea68.png" data-original-width="2926" data-original-height="1116" data-original-format="image/png" data-original-filesize="168313" data-image-index="13" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
虽然过程有点波折，不过我们成功开发了一个批量表格提取工具！然后就可以导出插件。<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 267px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 38.14%;"></div>
<div class="image-view" data-width="2926" data-height="1116"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-4aae5c40ec349fa4.png" data-original-width="2926" data-original-height="1116" data-original-format="image/png" data-original-filesize="171584" data-image-index="14" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
OK，我们可以测试一下插件安装和使用，安装好了，完美使用<br>
<div class="image-package">
<div class="image-container" style="max-width: 700px; max-height: 493px;">
<div class="image-container-fill" style="padding-bottom: 70.28999999999999%;"></div>
<div class="image-view" data-width="1380" data-height="970"><img data-original-src="//upload-images.jianshu.io/upload_images/10518391-46f2de67ddb46571.png" data-original-width="1380" data-original-height="970" data-original-format="image/png" data-original-filesize="77585" data-image-index="15" style="cursor: zoom-in;" class="image-loading"></div>
</div>
<div class="image-caption"></div>
</div>
<br>
从此，我们可以直接用这个插件来批量提取行，可以发给你的实验室同门，大家都可以用了。
<h3>写在最后</h3>
<p>很强！当然，对于一些相对复杂的逻辑，或许需要比较具体的描述。总之，欢迎大伙联用两者，实现自己的想法，开发出有用，实用的插件，分享给朋友和所有TBtools用户。</p>
</article>

作者

sockstack

许可协议

CC BY 4.0

发布于

2023-11-14

修改于

2023-12-10

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